今まで読み込めていた、PHPファイルが表示されなくなりました。
更新したらファイルの中身が全とっかえされてしまったようです。
functions.php の中身もすっかり初期化されていました。

今後は要注意することにします。
いろいろと動かなくなりそうなので、ブログに直接埋め込むよりは、サイトの中から動かすほうがよいのかもしれません。